قاعة نهر النيل
في هذا القسم نشاهد تمثال رائع لإله النيل في العصر الروماني من القرن الأول أو الثاني الميلادي ، و مومياوات تماسيح كاملة لا مثيل لها .
قاعة البردي
في هذه القاعة يعرض مجموعة من الصور الملونة التي توضح خطوات زراعة البردي و تصنيعه ، و أشكال و نماذج مختلفة له منها حبل سميك من البردي يرجع إلى الأسرة الأولى منذ خمسة آلاف عام .
قاعة الطيور
و يبدأ العرض في هذه الصالة بآثار الطيور حيث تعرض مومياوات للبط من طيبة من عصر الدولة الحديثة حوالي 1400 ق. م وكذلك مومياوات وتماثيل للإوز. و عظام دجاج ، وبيض دجاج من عصر الدولة الحديثة ، و بيض حمام
وكذلك يعرض في القاعة توابيت وتماثيل و مومياوات وبيض لأبي منجل. وكان الصقر رمز الإله حورس ، ومعروض له مومياوات وتماثيل وتوابيت وبيض .
قاعة الحيوان
في هذه الصالة يعرض أثار الحيوانات في مصر القديمة فيعرض عظام ماعز من الأسرة الأولى منذ 5000 عام وجماجم مختلفة، مومياوات أغنام من حوالي 2200عام. ولحم ضأن من حضارة المعادى من ستة آلاف عام، وهياكل عظمية، وجماجم.
ويعر ض ايضا بطانية صوف وخيوط صوفية، وصوف خام من تل العمارنة بمحافظة المنيا من عهد الملك إخناتون من حوالي 3370 سنة. و معروض للأبقار جماجم ومومياوات وتماثيل ، وقرن متحجر من عصر ما قبل التاريخ. وينفرد المتحف بعرضه هياكل عظمية لعجل أبيس الذي كان رمزاً للقوة والخصوبة. ثم عرض لتابوت لحصان وهيكل عظمى من 2500سنة من سقارة بالجيزة .
و الكثير من المقتنيات النادرة التي تتمثل في جماجم وهياكل وعظام للخنازير والضباع والكلاب وابن أوى والقطط والقرود والغزلان، والتياتل، والوعول، والكبش البرى ، والأيل. كذلك عرضت حيوانات أخرى وُجدت بالمقابر مثل القوارض كالفئران ، والأرانب و القنافذ و النموس .
وأما الزواحف فعُرض منها الثعابين و السحالي. وعُرض من الحشرات الجراد ، الذباب.
كما يوجد عرض للمقاومة المتكاملة للآفات الزراعية في مصر القديمة .وعُرض من الأحياء المائية العديد من مومياوات الأسماك مثل سمك القشر ، وفتيل البياض ، و القنوم ، والقرموط ، و البوري ، و البلطي وغيرها ، والأسماك المملحة من 3500 سنة . وتماثيل الأسماك ، وأدوات صيد السمك. ونشاهد عرضا لفرس النهر ، وأنثاه الإلهة " تاورت " التي تحمى الحامل المرضع . والتمساح كان رمز الإله " سبك " إله الماء ، ومعروض له مومياوات للتماسيح وبيض تمساح . كذلك عرضت درقات للترسة ، وسلحفاة من المرمر .